این قارچ کش توسط بافت های گیاه جذب شده و به صورت سیستمیک در گیاه پخش می شود، خاصیت جابجایی درگیاه دارد و از برگ به ریشه و برعکس از طریق آوند چوبی جابجا می گردد. البته حرکت سیستمیک در گیاه بیشتر به سمت بالاست یعنی از ریشه به برگ و یا از برگهای پایین تر به برگهای بالاتر که حرکت به سمت پایین نیز انجام می شود. محل اثر پروپیکونازول، دی متیلاسیون C-14 در حین بیوسنتز ارگوسترول و حرکت به سمت تجمع استرولهای C-14متیل می باشد. فقدان این استرولهای نرمال، رشد قارچ ها را کاهش داده یا متوقف می کند، بویژه از حمله این قارچ ها به بافت میزبان جلوگیری می کند. بنابراین پروپیکونازول بیشتر به صورت ممانعت کننده رشد مورداستفاده قرار می گیرد تا کشنده قارچ.