سم مالاتیون با ایجاد اختلال در سیستم عصبی حشرات, آن‌ها را می‌کشد. اگر بخواهیم مکانیسم اثر این حشره کش را تخصصی تر بررسی کنیم, باید بگوییم که سیگنال هایی بین اعصاب سالم منتقل می‌شود. مالاتیون انتقال این پیام ها را مختل می‌کند. زمانی که انتقال پیام های عصبی متوقف می‌شود, دیگر سیگنال عصبی بین سلول های منتقل نخواهد شد. بدین ترتیب آفات و حشرات از بین می‌روند. این سم در مواردی نیز تنفس آفات را مختل می‌کند و باعث مرگ آن ها می‌شود.